现在的哥伦比亚地区是欧洲人在1540年代首次探索的,当时由埃尔南多·德索托(Hernando de Soto)率领的探险队在东南地区的内陆进行探索。欧洲人在殖民时期开始在该地区定居,最初是在刚果河西岸的一个边境堡垒。在18世纪50年代,南卡罗来纳的殖民政府使用渡轮将堡垒与东岸高地上越来越多的欧洲定居点连接起来。从它的位置来看,这个定居点成为了一个主要的工业区,河流为该地区的许多纺织厂提供了电力。
皮埃尔现在所占领的地区最初是在1832年,当时圣路易斯的皮草商人小皮埃尔·乔托(Pierre Chouteau Jr.)在密苏里河西岸建立了一个贸易站,就在巴德河的北岸,他将其命名为皮埃尔·乔托堡(Fort Pierre Chouteau),取代了位于北方一英里处的另一个驿站。随着时间的推移,一个城镇围绕着贸易站发展起来,并在该地区看到了定居点的扩张。然而,在19世纪下半叶,芝加哥和西北铁路将其路线扩展到达科他州,在皮埃尔堡对面的河岸上的一个地点。这导致该地点从1880年开始被开发为一个社区,最终被命名为Pierre,并于1883年合并。